2009年7月3日，段镇基院士的遗体告别仪式在北京八宝山殡仪馆东礼堂举行，中国工程院院士季国标、中国轻工业联合会副会长张善梅、周国泰少将、张建春少将、中国轻工集团陈学忠董事长、陈鄂生总经理等有关部门主要领导，段院士家人、同事、好友来到八宝山参加遗体告别仪式。300余名全国各地业内人士来到现场，送敬爱的段院士最后一程。
灵堂前，“沉痛悼念段镇基院士”的横幅高高挂在东礼堂门口。遗体告别仪式现场，段院士遗体四周布置着无数朵百合花、白玫瑰花，灵堂肃穆安静，段院士身着黑色西服，遗态安详，平和如昔。段院士妻子、女儿、儿子以及所有家人排成一列，陪伴段院士走完最后一程。
国务院总理温家宝，国务院副总理李克强，国务院副总理张德江，国务委员刘延东等党和国家领导人发来了唁电并送了花圈。全国政协办公厅、中共中央统战部、科技部、中国工程院、中国轻工集团及有关部门和单位的领导，全国各鞋革产业集中地的领导同志、国内皮革和制鞋行业系统单位，高等院校，段院士生前好友、同学、同事及学生，以各种形式对段院士的逝世表示沉痛哀悼，并向段院士的亲属表示亲切慰问。
段院士生前好友、同事、全国各地业内人士前来吊唁
天气炎热，前来吊唁段院士的人们自发排起了长队
段院士生前同事、好友、全国各地业内人士前来吊唁
络绎不绝的人群，表达的是同样的哀思
共同再送段院士一程
亲爱的，再送你最后一程（段镇基院士之妻戴兴梅）
遗体告别仪式现场
参加遗体告别仪式的嘉宾认真阅读段院士生平
